工程研究中心实行理事会与技术委员会指导下的主任负责制。

理事会由重庆交通大学会同同济大学、东南大学、研究院所、设计与咨询单位和行业大型骨干企业组成，指导制定工程研究中心的发展规划，促进工程研究中心与企业间的交流与合作，推动工程研究中心科研成果的应用。

专业技术委员会以郑颖人院士为主任的国内外著名专家学者10～15人组成，指导工程研究中心的领域建设、科学研究、技术开发和学术活动。