工程研究中心的管理制度，涵括了以下十七个方面：《国家工程研究中心管理办法（试行）》（国家发展和改革委员会令第34号）、工程研究中心理事会职责、工程研究中心技术委员会职责、研究中心人员编制规定、研究中心运行制度及工作职责、研究生及博士后管理办法、仪器设备使用管理办法、安全管理制度、研究中心危险品的使用保管条例、研究中心学术交流管理规定、财务管理办法、技术服务管理办法、固定人员和客座人员出入实验室管理条例、开放基金管理办法、科研成果移交管理办法、科研人员科研奖励制度、技术合作交流管理办法。具体管理办法详见附件。